• Mopac

    MOPAC

             最著名的半經驗分子軌道程序包。MOPAC從1981年由J. J. P. Stewart開始開發,最早基于Dewar和Thiel的NDDO方法。MOPAC 2007是目前唯一由J. J. P. Stewart維護的MOPAC版本。MOPAC 2007(即MOPAC 7.2)增加了PM6,但缺少MINDO/3,PM5,解析導數,Tomasi溶劑模型和系間穿越。

    MOPAC 2012的新功能:加入新的半經驗方法PM7和PM7-TS。


    功能

    1. MNDO,MINDO/3,AM1和PM3哈密頓量
    2. 限制Hartree-Fock (RHF)和非限制Hartree-Fock (UHF)方法
    3. 組態相互作用
        (a) 100個組態
        (b) 單重,雙重,三重,四重,五重和六重
        (c) 激發態
        (d) 指定態的幾何優化,等
    4. 單自恰場計算
    5. 幾何優化
    6. 梯度最小化
    7. 過渡態定位
    8. 反應路徑坐標計算
    9. 力常數計算
    10. 簡正坐標分析
    11. 躍遷偶極計算
    12. 熱力學特性計算
    13. 局域化軌道
    14. 共價鍵順序
    15. 鍵分解為sigma和pi分量
    16. 一維空間聚合物計算
    17. 動力反應坐標計算
    18. 內反應坐標計算


     MOPAC 2007增加了以下功能:

    1. 用FORTRAN 90改寫。
    2. 增強了周期體系(晶體、表面、聚合物)計算方面的功能。
    3. 支持的方法有:MNDO,AM1,PM3,用于鑭系元素的Sparkle/AM1,RM1,PM6,實現對所有主族元素及過渡金屬的參數化。PM6是對NDDO方法的最近一次參數化,對近似做了三處修改,定義了對芯-芯相互作用的主要影響。除了12種鑭系元素和所有的錒系元素之外,PM6參數已對大多數元素進行了優化。有機分子元素(H,C,N,O,F,P,S,Cl,Br,I)的參數已經穩定,其它主族元素、某些過渡元素以及1A和2A元素的參數尚在測試中。
    4. 用PM6半經驗模型模擬有機固體、無機固體的結構。
    5. 用PM6計算氫鍵。
    6. PM6對于僅由H,C,N,O,F,Si,P,S,Cl,Br和I構成的化合物計算極化率,平均誤差為2.1%。
    7. PM6更精確地計算生成熱,熵,焓,熱容,進行結構優化。對簡單的有機分子精度最高,對復雜有機體系和無機體系精度稍低。PM6尚無法很好地計算頻率。
    8. 修改了AM1和PM3的一些嚴重錯誤。
    9. 計算酸堿性(pKa)。
    10.產生動畫。
    11.結構用JMol或CHIME顯示。


    MOPAC 2009增加的功能:

    1. 模擬酶的反應,優化整個蛋白質、DNA片斷以及其它的大體系,可以進行直到15,000個原子的優化。
    2. 線性標度算法MOZYME可以把半經驗量子化學方法處理的極限從1,000個原子提高到15,000個(幾何優化)或18,000個(SCF)原子,對100個原子以上的體系顯著增加了計算速度。一個由1,000個原子構成的分子要比普通的MOPAC計算快60倍,并且只需要7%的內存。MOZYME可以與MOPAC的大多數功能結合使用,包括最新的PM6方法。

     

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