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BOSS

最新版本: 4.6
BOSS是通用分子模擬系統，用于進行分子力學計算，Metropolis蒙特卡羅統計力學模擬，和半經驗的AM1，PM3，PDDG/PM3量子力學計算。分子力學計算包括能量最小化，簡正模式分析，和用OPLS力場進行構象搜索。蒙特卡羅統計可用于純液體，溶液，團簇，和氣相體系，典型的應用包括計算純液體的特性，溶劑化的自由能，溶劑化對構象異構體相對能量的影響，溶劑化自由能沿反應路徑上的變化，主體客體復合物成鍵的結構與相對自由能。用統計微繞理論方法計算能量，也可以使用量子力學方法計算能量。坐標文件為PDB或mol格式，易于傳遞和顯示。BOSS可以擴展到12種常用溶劑和用戶自定義溶劑的平衡盒子的設置。提供了超1000個常用的有機小分子和藥物分子的輸入文件。內含的腳本文件能夠從PDB, mol2 或者mol文件中流暢的產生BOSS/MCPRO的輸入文件。輸出的分子結構包括PDB或 mol格式，能夠非常容易的用標準圖形顯示程序展示，如XChemEdit, Rasmol, WebLab和Midas。